「主旨」　（main intent)とは、

その文章や計画などの中心となる意味や狙いを

表す際に用いられます。

「この定めの主旨」「この計画の主旨」という

用例がこれに当たります。

「趣旨」　（purpose)とは、

事柄のわけ、すなわち、文章などで言わんとしている事の結論、

というのが本来の意味です。

ただし、「当初の趣旨に沿って」というように、

なんのためにそのことをするのかという

目的や狙いを表現する際にも用いられます。

後者の用例は、「主旨」と同じ意味になります。